Sau khi nắm đại quyền, Đậu Vũ và Trần Phồn đều muốn cố gắng khôi phục lại trật tự của nhà Hán, tiêu diệt sách quyền lực của các hoạn quan. Hai người khôi phục lại tước vị của những nạn nhân bị các hoạn quan buộc tội trước đây, biến họ thành thế lực chóng lại hoạn quan.

Năm Kiến Ninh nguyên niên (168), Đậu Vũ và Trần Phồn lên kế hoạch trừ khử các hoạn quan do Vương Phủ (王甫) cùng Tào Tiết cầm đầu. Trần Phồn nói:"Trung thường thị Tào Tiết, Vương Phủ khi hầu cận Tiên Đế đã làm dấy động chính sự quốc gia, chướng khí mù mịt, bá tánh hỗn loạn, tội họa chính là bọn họ. Hiện tại không giết bọn chúng, đại sự không thành". Đậu Vũ phi thường tán thành, sau đó sắp đặt các thân tín là Thượng thư lệnh Doãn Huân (尹勋), Thị trung Lưu Du (刘瑜), lại mời Thái thú Việt Tây là Tuân Dực (荀翌) làm Tòng sự Trung lang, người Dĩnh Xuyên là Trần Thực làm Duyện thuộc, đồng thương định kế sách, văn sĩ khắp thiên hạ không ai là không phấn chấn.

Tháng 5, nhân sự kiện nhật thực, Trần Phồn bàn với Đậu Vũ thời cơ đã đến, nên Đậu Vũ vội vào cung tấn kiến, xin Đậu Thái hậu chủ trì tru sát các hoạn quan là Vương Phủ cùng Tào Tiết, nói:"Hán chế, Hoàng môn cùng Thường thị chỉ đảm đương công việc tỉnh nội. Hiện tại, bọn họ được tham dự chuyện chính sự, tử đệ phát triển, tàn hại tham lam. Thiên hạ suy vi, chính là như vậy. Thần thỉnh Thái hậu tru sát toàn bộ, tẩy trần triều đình". Đậu Thái hậu vốn được các hoạn quan khéo lấy lòng nên không đồng tình với ý định của Đậu Vũ, nói:"Triều đình tự xưa đến nay, chuyện này là thường tình. Bây giờ tru sát, liệu có diệt hết nổi không?". Với sự phản đối của Đậu Thái hậu, kế hoạch này đã bị trì hoãn[13].

Tháng 8, sao Thái Bạch xuất hiện, Lưu Du viết thư khuyên Đậu Thái hậu xuất tay, nói:"Sao Thái Bạch ở phía tả, thượng tương tinh nhập thái vi, biểu hiện cửa cung bị phong bế, gian tà có lợi. Xin bệ hạ chủ quyết để phòng hậu hoạn", sau đó cũng nội dung ấy mà viết cho Trần Phồn cùng Đậu Vũ, khuyên răn đại sự không thể đợi được nữa. Thế là Đậu Vũ dùng quyền thủ phụ ra lệnh bãi miễn Hoàng môn lệnh Ngụy Bưu (魏彪), lấy người của mình là Tiểu hoàng môn Sơn Băng (山冰) thay thế, lại bắt giam Trường Lạc Thượng thư Trịnh Táp (郑飒) vốn là kẻ giảo hoạt vào Bắc ngục. Trần Phồn khuyên nên giết Trịnh Táp, nhưng Đậu Vũ không nghe, lệnh Sơn Băng cùng Doãn Huân thẩm vấn, lời khai khai ra Tào Tiết cùng Vương Phủ, thế là lại tra khảo Tào, Vương trong ngục[14].

Hoạn quan Chu Vũ (朱瑀) là người được phong làm Tư lệ Giáo úy (司隶校尉), nhìn lén tấu chương phát hiện kế hoạch Trần Phồn cùng Đậu Vũ lên kế hoạch giết toàn bộ hoạn quan, Vũ tri hô:"“Hoạn quan phóng túng phi pháp đương nhiên có thể sát. Ta có tội gì? Vì lý gì phải cũng bị diệt tộc?", thế là Chu Vũ lên một âm mưu với 17 hoạn quan khác để phát động chính biến chống Trần Phồn và Đậu Vũ. Tào Tiết cùng các hoạn quan khác vào tẩm cung bắt cóc Hán Linh Đế, bàn mưu cùng nhau làm ra một chiếu chỉ giả, bổ nhiệm Trường lạc thực giám Vương Phủ làm Hoàng môn lệnh (黄门令), mang quân giết Doãn Huân cùng Sơn Băng để giải cứu Trịnh Táp, sau đó họ vào cung bắt cóc Đậu Thái hậu để đoạt tỉ thụ, ban hành chiếu lệnh sai Trịnh Táp cấm Tiết phù để bắt Đậu Vũ. Biết sự việc đại họa, Đậu Vũ giết chết sứ giả, chỉ huy mấy ngàn quân đóng ở Đô Đình (thuộc Lạc Dương, Hà Nam, Trung Quốc), giao chiến ác liệt với quân Hổ bôn và quân Vũ lâm của Vương Phủ, nhưng cuối cùng ông bị thua trận và buộc phải tự sát. Trần Phồn cũng tham chiến và bị bắt giết.

Sau đó, Đậu Vũ cùng Trần Phồn bị bêu đầu ở kinh thành Lạc Dương, gia đình ông bị lưu đày đến quận Nhật Nam (thuộc Trung Bộ Việt Nam hiện nay), những người trong họ và tân khách bị giết chết. Đậu Thái hậu bị buộc phải rút lui khỏi vai trò nhiếp chính và bị quản thúc ở Nam Cung, tức Trường Lạc cung[15][16].

Năm Kiến Ninh thứ 2 (169), Hán Linh Đế đón mẹ ruột là Đổng thị vào cung, tôn xưng Vĩnh Lạc cung Hiếu Nhân hoàng hậu (永樂宮孝仁皇后). Cháu Đổng hậu là Đổng Trọng được vào triều làm Phiêu kỵ tướng quân. Tháng 4 năm đó, Đại tư nông Trương Hoán (张奂) dân tấu:“Hoàng thái hậu tuy cư Nam Cung, mà ân lễ không tiếp, triều thần không nói, xa gần thất vọng”. Lang trung Tạ Bật (谢弼) cũng khuyên Linh Đế nghĩ lại công lao Đậu Thái hậu lập mình lên nên mới có ngày nay, nếu Linh Đế đã tôn Hoàn Đế làm Hoàng phụ thì nên coi Thái hậu là Hoàng mẫu. Những lời này của Tạ Bật đã phạm vào đại kị, do vậy dần bị Hán Linh Đế xa lánh, cuối cùng bị bọn hoạn quan Tào Tiết hại.

Năm Kiến Ninh thứ 4 (171), ngày 1 tháng 10, Hán Linh Đế niệm tình Đậu Thái hậu lập mình lên ngôi, nên suất lĩnh quần thần đến Nam Cung triều bái Thái hậu. Thái giám Đặng Manh (董萌) do đó đã cố gắng khuyên can Hán Linh Đế trên danh nghĩa của Đậu Thái hậu, tin rằng Đậu Thái hậu vô tội trong vụ chính biến. Ban đầu Hán Linh Đế tin là thật, sau đó nhiều lần đến thăm hỏi Đậu thái hậu và cung cấp nhiều đồ dùng quý cho bà. Điều này làm cho bọn hoạn quan Tào Tiết căm ghét Đặng Manh, vu cáo Đặng Manh tội bôi nhọ Đổng hậu. Đặng Manh bị giam giữ và xử tử[17].